In giappone oltre ai draghi di importazione esistono molti draghi autoctoni di cui si anno testimonianze nei testi antichi.
Nel testo Kojiki risalente al 680 d.C. r nel Nihongi del 720 d.C. si trovano i primi riferimenti alla figura dei draghi.
In questi riferimenti si parla sempre di figure marine, che sono divinità con la forma di serpente e la testa di drago.
Draghi antichi giapponesi:
Yamata no Orochi (八 岐 大蛇), serpente gigante a 8 rami, era un drago con 8 teste e 8 code, venne ucciso dal Dio del vento e del mare Susanoo,
che trovò in una delle sue code, la leggendaria spada delle insegne imperiali, chiamata Kusanagi-no-Tsurugi.
Watatsumi (海神), dio del mare, conosciuto anche come Ryūjin (龍神), dio drago, era il governatore dei mari e degli oceani. Veniva descritto come un drago capace di trasformarsi in essere umano. Viveva nel castello sottomarino Ryūgū-jō (龍宮), dove custodiva gelosamente i gioielli magici della marea.
Toyotama-hime (豊 玉 姫), Luminosa Perla Principessa, era la figlia di Ryūjin ed antenata dell'imperatore Jinmu, leggendario primo imperatore del Giappone.
Wani (鰐) era un mostro marino tradotto a volte come squalo ed altre volte come coccodrillo.
Kuma-wani (熊 鰐) orso, il gigante o forte squalo/coccodrillo") è menzionato in due antiche leggende.
In una si racconta che Kotoshiro-nushi-no-kami, il dio del mare, si trasformò in un kuma-wani a otto braccia e generò Toyotama-hime, nell'altra un kuma-wani guido le navi dell'imperatore Chūai e dell'imperatrice Jingū.
Mizuchi (蛟 o 虯) era un dragone del fiume e divinità dell'acqua. Nel Nihongi si racconta che il leggendario imperatore Nintoku dovette offrire sacrifici umani a Mizuchi, per farsi perdonare della realizzazione di molti progetti di ingegneria fluviale che avrebbero potuto irritare il drago.
Nella mitologia giapponese si dice che l'imperatore Jimmu discenda dai draghi, perché discendente di Toyatama-hime, una divinità mitologica che si racconta fosse un semi-drago.
Questa storia è stata quasi sicuramente ispirata dall'antica tradizione che indicava simbolicamente l'imperatore come un drago.
I draghi più moderni del folklore giapponese furono quasi tutti influenzati dalla mitologia cinese ed indiana:
Kiyohime (清 姫), Principessa della purezza, era una cameriera da tè che si innamorò di un giovane sacerdote buddista.
Dopo che questo la respinse, si dedico allo studio della magia e divenne in grado di trasformarsi in un drago per poi uccidere il sacerdote che l'aveva rifiutata.
Nure-onna (濡 女), donna bagnata, era un drago con la testa di donna e il corpo di serpente. Veniva vista di solito che si lavava i capelli sulla riva del fiume. Quando veniva infastidita arrivava anche ad uccidere gli avventori.
Zennyo Ryūō (善 如 龍王), il re dei draghi simile a un Dio, era un divinità della pioggia raffigurato come un essere umano con la coda di un serpente oppure come un drago con un serpente in testa. Nella fiaba del folklore, La borsa di riso del mio Signore, questo re dragone del Lago Biwa chiede ad un'eroe chiamato Tawara Tōda (田原 藤太) di uccidere un centopiedi gigante.
Inari il dio della fertilità e dell'agricoltura, veniva spesso raffigurato come un drago o un serpente, invece che come una volpe.
