Durante il Periodo Edo, il potere fu conquistato e consolidato dalla dinastia Tokugawa, che prese la carica di Shogun. La capitale fu spostata a Edo, la moderna Tokyo.
Durante questo periodo, il Giappone, fatta eccezione per il porto di Nagasaki, era totalmente chiuso agli stranieri e non era permesso ai giapponesi di spostarsi in nessun paese che non fosse la Cina o i Paesi Bassi.
Mentre il centro politico del Giappone era ormai Tokyo, Kyoto rimaneva la capitale culturale, il centro per la religione e l'arte.
Il periodo Edo vide la diffusione di un nuovo tipo di architettura giapponese, chiamato Sukiya-zukuri, che letteralmente significa "costruire a seconda del gusto proprio".
Si riferiva alla fine del XVI secolo alle case da tè isolate. Veniva applicato alle case semplici di campagna di guerrieri e monaci buddisti, ma nel periodo Edo fù utilizzato per ogni tipo di edificio, dalle case ai palazzi.
Lo stile Sukiya è stato utilizzato nel giardino più famoso del periodo, la villa imperiale di Katsura a Kyoto.
Gli edifici sono stati costruiti in modo molto semplice, decorati in uno stile-prototipo per il futuro dell'architettura giapponese.
Il giardino era aperto in modo da sembrare una parte dell'edificio. Se il visitatore era all'interno o all'esterno del palazzo, aveva sempre la sensazione di essere al centro del giardino.
Gli edifici venivano disposti in diagonale, invece che uno di fronte all'altro. Questa disposizione era chiamata "ganko", che significa letteralmente "una formazione di oche selvatiche in volo".
La maggior parte dei giardini del periodo Edo erano giardini lungomare o rocciosi giardini zen molto più grandi rispetto ai precedenti.
I giardini lungomare del periodo facevano ampio uso del "shakkei", la visuale dei paesaggi in lontananza, come le montagne, e la loro integrazione in giardino o, meglio ancora, la costruzione del giardino su un lato di una montagna con diversi livelli.
I giardini Edo erano spesso composti da una serie di "meisho", o "celebri vedute", simili a cartoline. Queste vedute imitavano famosi paesaggi naturali come il Monte Fuji, scene taoiste, sceme buddiste, illustravano alcune leggende, o paesaggi delle poesie.
Giardini famosi di questo periodo sono:
Villa Imperiale di Shugakuin
Shisen-do (1641)
Suizen-ji
Hama Rikyu
Koraku-en (Okayama)
Giardino Ritsurin (Takamatsu)
Koishikawa Koraku-en (Tokyo), (1629)
Ninna-ji, Kyoto
Emman-in, Otsu
Sanzen-in, a nord di Kyoto
Chishaku-in, sud-est di Kyoto
Joju-in, nel tempio di Kiyomizu, a sud-est di Kyoto. (1688-1703)
